在发表了这样的讲话之后，宁恩承先生开始布置起后面的安排，首先是令会计主任解御风把学生们的伙食费先发还给学生，东北大学规定开学之初学生须把学费膳费交给会计处保管，学生每月伙食费由会计领取应用。9月是开学的第一个月，膳费全在学校铁柜之中。
膳费发还以后，铁柜空空如也。宁恩承又令会计主任把铁柜永久打开，以示存款已空，校内之人不能求借，校外强徒放弃抢劫意图。
接着就是让家在沈阳，或是有亲友在沈阳的女学生，先回家避难。至于其他女生，则暂时安排到小河沿英国人的医学院躲避。
接着便是张广德和林桐等同学在宁恩承校长的指挥下，尽可能的帮助同学们疏散的事情，在这当中，埃德加·斯诺饰演的张伯伦教授的助手，也在这当中登场了。当然，登场的也少不了日本人，日本南满中学堂校长中岛守人坐着一辆挂着日本国旗的小汽车出现在了东北大学的校园中。中岛从汽车上下来，整了整领结，又扶了扶眼镜。电影在这里还特别给了他一个特写镜头，以突出他在环视校园的时候，微微翘起的嘴角。
日本人的到来让还留在学校中的师生都有些紧张。在张伯伦教授的陪同下，宁恩承校长和中岛守人做了简短的交谈。中岛表示，他受关东军司令本庄繁将军的托付，来探望大家，看看大家有什么需要帮助的没有。他同时表示，大日本帝国对于中国，尤其是对于东北的教育界并没有恶意。只是希望大家能够相互提携，共同进步。这次事件之后，东三省已经是日本的领土了，各位贤才完全可以留在这里，为大日本帝国服务。
虽然知道在这个时候直接顶撞日本人很危险，但是师生们还是忍不住了。
“你胡说什么！东三省是中国领土！”张广德忍不住呵斥道，同时向上逼近了一步。其他学生也围拢了过来。
不过宁恩承校长伸手拉住了他。接着宁恩承校长便转向中岛，非常严肃地，一字一句地说：“东北是中国的领土。现在是，将来也是。我和我的学生都是中国人，我们将永远忠于我们的祖国。我们不需要来自日本，尤其是来自关东军的帮助。”
中岛望着宁恩承，慢慢地点点头道：“很好，我明白了。”说完这话，他便转身上了小汽车，离开了东北大学的校园。
望着远去的小汽车，宁恩承又充满留恋地环顾了一下校园，然后对还跟在身边的学生们说：“同学们，恐怕我们不能再继续都留在这里了。”
接着画外音响起：“我们曾经以为，这只是又一次的小冲突，两国谈判之后，一切就又能恢复正常，然而我国上下虽然都在期盼着谈判，但日本侵略者的铁蹄却并未因此放缓，很快，大家就得到了更多的地区沦陷的消息。在我军不抵抗的鼓励下，短短的几天时间，整个东三省便都沦亡了。而到了这个时候，一切希望都断绝了。我们剩下的同学，便和宁校长一起，离开了我们的大学，踏上了流亡之路。”
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这时候银幕上已经是傍晚时分，宁恩承和几位学生以及教师们一起走出了东北大学的大门，走了几步，宁校长便又忍不住回头望向学校，国立东北大学几个烫金大字正在夕阳下熠熠生辉。
有学生忍不住就哭了出来。宁校长说：“不要哭，不要哭。我们会回来的，我们一定会回来的！”
接着音乐声响起来，在大提琴悲凉的曲调中，一行人上了火车，火车在夕阳下穿行在忙忙的旷野中，镜头渐渐拉高，拉远，喷吐着白烟的火车渐渐变小，广阔的平原，弯曲的流水，高粱田，玉米地，大森林都进入到了大家的视线中。同时一个女声响了起来：
“我的家在东北松花江上，
那里有森林煤矿，
还有那满山遍野的大豆高粱。
我的家在东北松花江上，
那里有我的同胞，
还有那衰老的爹娘。
九一八，九一八，
从那个悲惨的时候！
九一八，九一八！
从那个悲惨的时候，
脱离了我的家乡……”
在这悲凉歌声中，在火车奔跑着的广袤的原野上的的画面中开始叠加进了另一些画面，有日本军队在刺刀上挑着军旗站在城楼上欢呼的，有日军放火焚烧老百姓的村庄的，有更多的民众拖儿带女的逃亡的，也有义勇军奋起反抗的。
看着电影，伴随着这悲凉的歌声，在场的很多东北大学的学生忍不住泪流满面。
接着后面便是到达北平之后的事情了。金焰扮演的学生林桐，和其他的同学一边组织去向政府请愿，一边和其他同学一起到处寻找新的校舍，好继续学业。
“同学们，我们不能就这样散了，东北大学不能就这样散了。虽然教授们都散了，校长也另有任命，但是我们不能跟着散了。我们要团结起来，将学业继续下去，学好了本领，将来才能收回我们无尽的宝藏。”在临时居住的宿舍里，林桐对其他已经有些精疲力尽的同学说，“我们可以自己找地方，自己请先生，就像当初北京女子师范大学那样……”
“说得好，不过有一点林同学你说错了，我们这些人并没有散。”门开了，宁恩承和其他的几个人大踏步地走了进来，“我们没有散，我找来了这几位先生，这是北大的蒋梦麟校长，这是清华的梅贻琦先生（当时他代行校长，但并没有正式的校长职务），还有我们大家都熟悉的，我们的李校长。”
在画面上，已经有了一点胡子的李谦出场了。李谦说过，日本人一天不退出中国，他就一天不剃胡子。所以如今的李谦，已经有一些胡子了。好在有李谦的镜头，都是抢着先拍的，所以电影里的李谦，大部分的时候胡子还不算太明显。当然因为剧本有过改动，所以有不少镜头是后来补的，这也让电影中出现了一个小问题，那就是李谦的胡子的长度发生了不规则的变化。
这个时候，李谦大步上前道：“同学们，中华民族，有一方有难，八方支援的传统。更何况是在这国难当头的时候？我觉得东北大学学数学和理工的同学可以来我们上海，我们上海大学一直和东北大学有互相派交换生的惯例，这些同学就可以作为今年的交换生，或者就在我们上海大学，开一个东北大学分院。”
然后便是东大的学生们来到上海，在上海大学的特别的开学典礼上，李谦发表演讲的镜头了。这也是这部电影中的第一个穿帮镜头，因为这一段用的是现场的纪录影片，结果那上面李谦的胡子不见了。
接着就是东北大学的学生们在上海努力学习的一段时光了，年轻人们在一起，互相帮助，互相促进，一起学习，一起成长。音乐的背景也悄悄地变成了上海大学校歌的旋律。整个画面也都充满了希望，充满了昂扬向上的精神。在学习之余，林桐也满怀希望地对其他同学说：“十年生聚，十年教训。只要我们认认真真的学习，将来努力工作，发展我们的科学技术，建立发展我们的工业，我们是有打回老家去的那一天的。”
然而，侵略者带来的阴云又一次笼罩在了他们的头上。在上学的路上，林桐看到了一群耀武扬威的日本浪人，到处打砸，在他的回忆中，顿时浮现出了日本浪人在沈阳街头打砸中国商店的情景。林桐忍不住冲上去和日本浪人理论，最后动起手来，然后，寡不敌众被日本浪人围着打。
好在其他同学及时赶来，大家打成一团，好不容易占了点上风，这时候巡捕房的人就过来了。然后林桐他们就都被抓了，日本浪人们却都大摇大摆地离开了。
接着在镜头中，牢房的门打开了，一个狱警探出头来，对他们说：“好了你们可以出去了，你们校长来保你们了。”
于是林桐几个便跟着那个狱警往外走。那个狱警一边走还一边摇头说，“你们年轻人呀，干啥和东洋人斗，自己会吃亏的呀！”
林桐忍不住道：“那难道就看着他们欺负人？”
“唉……”狱警摇头道，“政府都怕他们，都不敢管他们，你们何必自讨苦吃呢？算了，我不和你们说了，你们也听不进去……”
“你们不敢管日本人，就敢欺负我们。”另一个学生道。
“唉，少年人，你们不知道，我们过来的时候，日本的海兵也已经出发了。我们慢一步，那些日本海兵来了，会是什么样？我们哪里欺负你们了？好了，你们校长来了……”
又有了胡子的李谦带着学生离开了巡捕房，林桐忍不住问道：“李校长，日本人这样闹事，会不会在上海也来个918？”
李谦想了想回答道：“我不知道，但如果全国人民团结起来，我们也不要怕他们再弄一个918出来。”
然后就是128事变了。镜头一转，就到了上海大学的防空洞。阴暗的光线，外面传来的炮声，以及又一次出现的《松花江上》的主旋律，让人倍感压抑。但接着，李谦就出现在了镜头里，并且开始教学生们唱《上海大学校歌》，先是李谦一个人的无伴奏的独唱，接着是防空洞中的同学们的无伴奏的合唱，然后音乐声响起，整个大礼堂中学生们都跟着唱了起来：
“同学们大家起来，担负起天下的兴亡……”
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