朱由校摆脱西李控制之后，几个重臣们在放心之余，便坐下来认真讨论其朱由校与西李的关系来。
吏部尚书周嘉谟、左都御史张问达、户部尚书李汝华等大臣都认为“虑皇长子无嫡母、生母，势孤孑甚，欲共托之李选侍”，但杨涟等东林党人却以“天子宁可托妇人”为由，坚决反对，双方争辩不下，有人便提议让方从哲来决定。
但充当首辅多年的方从哲此时深陷“红丸案”中，说句话都会被台谏攻击，根本不敢掺和其中，只提了个“徐图之”的建议，却遭到了杨涟等人的无情漠视！
随即，在朱由校脱离西李控制的第二天，杨涟、左光斗等人就上疏奏请西李搬离乾清宫。
已经失去了倚仗的西李自然是不肯的，为了朱由模的将来，她依然试图负隅顽抗，拿着已经在士大夫眼里成了废纸的泰昌帝的口谕说事，不想轻易的搬离乾清宫。
由于年幼，再加上接受过良好的帝王教育，因此朱由校并不像他的父亲、泰昌皇帝一样善于伪装自己的想法，也没有指望获得“纯孝”的美名，所以，当年九月三日，朱由校获得群臣拥戴，正式登上皇太子之位后，变就立刻下达了太子令谕，要求西李搬离乾清宫。
西李还是坚持不走，于是，在杨涟等东林党人的坚持下，被舆论裹挟的刘一燝、韩爌两人便率着百官来到乾清宫示威。
当日，群臣威逼的声浪直冲云霄，群臣拍打乾清宫大门的声音更是震耳欲聋，西李身边的太监和宫女们一个个吓得面如死灰、浑身发抖，在这种情况下，已经毫无抵抗能力的西李只好带着朱由模及皇八女朱徽媞匆匆迁往了朱由校指定给她居住的哕鸾宫。
移宫案的第二阶段，至此结束，但其余波荡漾，接下来还有更可怕的一幕即将上演。
西李搬离乾清宫的第二天，九月六日，朱由校在群臣的拥戴下即皇帝位，年号天启，但天启这个年号起的极不妥当，因为一般而言取年号的原则是尽量不要用前人用过的年号，可问题是天启这个年号在中国的历史上曾经三度被使用过。
其中南北朝时南梁皇帝萧庄用了两年、唐代南诏第七代国主劝丰祐用了二十年、元末起义军将领徐寿辉又用过一年，因此朱由校实际已经是第四任使用者了。
如果只是历史只有一个或两个朝代使用过这个年号，也可以解释说替朱由校取年号的翰林院学士们，知识广度和深度不够，但之前都有三个朝代使用过天启年号了，就不是学识不足的问题了，而是彻头彻尾的马虎。
当然，年号取的不妥当的事也不能全怪翰林院的问题，主要原因是朱由校的登基速度太快了，泰昌帝才死了六天，就登上了皇位，连三辞三让的手续都没有完成，在中国历史上的正统王朝的皇位承继中实属于比较罕见的。
之所以会出现这种情况，当然不是朱由校的问题，而是东林党担心局势会出现不可测的变化，所以才急匆匆的决定让朱由校尽快登基。
不过杨涟选定朱由校在九月初六登基后，他还被左光斗等东林党内部的同伙给骂了一顿，以至于杨涟挨完骂之后，还不得不乖乖的承认自己是完全没有预测到出现变局的可能，否则就应该在九月初一或九月初三就让朱由校登基的。
是的，万一西李联络某派反东林的势力实施政变怎么办？
夺门之变可不就是一个最鲜明的教训吗？
幸好东林党是自己吓自己，在防止出现第二个武则天（实际是担心文臣的权利受到垂帘听政的皇太后的危险）的问题上，三党和东林党是同一立场，所以三党并没有在朱由校即位问题跟东林党唱反调，自然也不会去勾结西李，来个翻云覆雨了······
天启帝登基后，再一次打开内库，给九边及京营将士犒赏，以稳定军心；又拨出大量的资金用来为泰昌帝修建帝陵；至此，神宗积累下来的内库七百万两存银，已经一多半花光了，这就为接下来的再次加征辽饷，预设了伏笔。
除了犒赏军将官弁外，天启帝还立刻授意将泰昌帝的原太子妃郭氏及母亲王才人追封为皇后，也算是满足了王氏生前的遗憾。
而在加官进爵、遍撒金钱雨来安抚群臣的同时，天启帝开始了秋后算账。
首先，根据王安的意见，王国臣被要求退休、孟珙被发往了南京守灵，神宗晚年的四大秉笔，只剩下了邓先一人暂时还留在了司礼监。
而泰昌帝身边的田诏、崔文升、范通、孙相、陈尧臣、孙惟贤等十三名内监也被黜落。
西李身边的李进忠更是因为所谓的“盗宝案”遭到了残酷的对待----其中还发生了一个小小的插曲，杨涟上疏说李进忠不应该在天启帝身边伺候，这显然是把两个李进忠搞错了，所以天启帝便命令李大个子恢复了本姓，今后此人会被暂时称为魏进忠。
接下来，根据杨涟等人的上疏，天启帝开始就红丸案发难。
作为向泰昌帝奉献红丸仙丹的罪魁祸首，鸿胪寺寺丞李可灼被命令养病回籍。
之所以只是受到如此轻的处罚，是因为，东林党人的主攻目标是方从哲，而与方从哲一起带走李可灼进宫的韩爌此时一言不发，根本不为方从哲解释，方从哲只好一而再再而三的上疏请求辞职回乡养老。
根据大明官场的游戏规则，在多次挽留以示对首辅大臣的尊敬后，方从哲最终在当年十一月“主动致仕”还乡了，东林党人由此顺利的搬倒了这块如鲠在喉的大石头，接下来，他们会向三党及其他反对派发起总攻，以达成由他们掌握朝局的目的。
但在攻击方从哲的风暴边缘，熊廷弼也受到了东林党人的集火攻击，很快熊廷弼的经略一职为东林党人袁应泰所取代，但袁应泰只有嘴炮，而无实际办事能力，偏偏还听不进劝，如此一来辽事就愈发的无可救药了······